乙丑（疑误），惠帝到十三里桥。太尉司马派皇甫商带领一万多人在宜阳阻击张方。己巳（二十八日），惠帝把军队撤到宣武场。庚午（二十九日），在石楼住宿。九月，丁丑（初六），惠帝将兵驻扎在河桥。壬子（疑误），张方袭击皇甫商，并将皇甫商打败。甲申（十三日），惠帝在芒山驻军。丁亥（十六日）惠帝到偃师。辛卯（二十日），在豆田住宿。大将军司马颖进军于黄河以南驻扎，阻隔清水作为壁垒。癸巳（二十二日），羊玄之忧郁恐惧而死，惠帝回师城东。丙申（二十五日），惠帝到缑氏，攻击牵秀，并把他打跑，宣布大敕。张方进入京城，大肆抢掠，死者数以万计。
石超进军临缑氏。冬季，十月，壬寅（初三），惠帝回到皇宫。丁未（初八），在东阳门外击败牵秀。大将军司马颖派将军马咸协助陆机。戊申（初九），太尉司马尊奉帝命与陆机在建春门战斗。司马的司马王瑚派几千骑兵把戟系在马上，冲击马咸的兵阵，马咸军队混乱，捉住马咸杀掉了。陆机军队惨败，退到七里涧，死尸堆积，把水流都堵塞住了。王瑚杀死陆机的大将贾崇等十六人，石超逃遁离去。
当初，宦官孟玖受到大将军司马颖的宠信，孟玖想让他父亲担任邯郸县令，左长史卢志等人都不敢违背，只有右司马陆云坚持不同意，说：“这个县，历来是有公府掾的资格的人担任，岂有让宦官父亲担任的道理？”孟玖深深地怨恨陆云。孟玖弟孟超，是率领万人的小督，还没有战斗，就纵兵抢掠。陆机将主犯拘捕，孟超带着全副武装的一百多骑兵冲到陆机的指挥将旗之下，夺走犯人，在马上回头对陆机说：“貉奴，会当都督吗？”陆机的司马吴郡人孙拯劝说陆机把他杀掉，陆机没有采纳。孟超向大家宣告说：“陆机打算叛变。”又给孟玖去信，说陆机怀有二心，所以军队不能快些取胜。等到战斗开始，孟超不听陆机指挥调动，轻率地带兵孤军深入，以致全军覆没。孟玖怀疑是陆机把孟超杀了，对司马颖进谗言说：“陆机怀有二心勾结长沙王。”牵秀对孟玖一直阿谀谄媚，将军王阐、郝昌，帐下督阳平人公师藩等人又都是由孟玖引荐而得到任用的，这些人在一起共同证实孟玖的谗言。司马颖勃然大怒，派牵秀带兵拘捕陆机。参军事王彰劝谏说：“今天的举动，强弱力量对比悬殊，最平庸的人都知道谁一定能取胜。何况陆机那样明白通达的人呢？只因陆机是吴地人，殿下对他过于重用，才引起北方地区的旧将对他的嫉妒怨恨罢了。”司马颖没有接受。陆机听说牵秀来了，于是脱下军服，戴着低贱的便帽，与牵秀相见，又写信辞别司马颖，一会儿慨叹说：“故乡华亭的鹤声，还能再听到吗？”牵秀随即将他杀了。司马颖又拘捕了陆机弟清河内史陆云、平东祭酒陆耽以及孙拯，都投入牢狱。
记室江统、陈留人蔡克、颍川人枣高等上奏章，认为：“陆机考虑不周而导致失败，处死是可以的。至于说他反叛，则大家都知道这不是事实。应当首先检查审核陆机谋反的情况，如果能够证实，那么再杀陆云等人也不晚。”江统等人不断地恳切请求，司马颖拖延三天也不答复。蔡克进入王府，来到司马颖面前，叩头叩得流血，说：“陆云被孟玖怨恨，远近没有不知道的，现在如果陆云果然被杀，我为您惋惜！”随蔡克进去的僚属有几十人，都流泪苦苦请求，司马颖听后也感到忧伤，面露宽宥原谅陆云的容色。孟玖扶着司马颖进屋，催促司马颖下令杀掉陆云、陆耽，夷灭陆机三族。狱吏拷打孙拯几百下，打得露出了踝骨，但孙拯始终说陆机冤枉，狱吏知道孙拯正义而刚烈，对孙拯说：“二陆的冤枉，谁不知道！您难道不珍惜自己的身体吗？”孙拯仰天长叹，说：“陆机兄弟，是天下不同寻常的人士，我承蒙他们的知遇和厚爱，现在既然不能把他从死亡中解救出来，怎么能忍心再诋毁他呢？”孟玖等人知道不能使孙拯屈服，就命令狱吏伪造孙拯的供词。司马颖杀了陆机后，心里常常感到后悔，等看见孙拯供词后，非常高兴，对孟玖等人说：“要不是你的忠诚，就不能够查清楚这反叛的情况。”于是夷灭孙拯三族。孙拯的学生费慈、宰意两个人到狱中申明孙拯冤枉，孙拯开导并让他们离开，说：“我从道义上不能辜负二陆，死是我现在所应该作的，你们为什么呢？”他们回答说：“您既然不辜负二陆，我等又怎么能辜负您呢？”坚持说孙拯冤枉，孟玖又把他们杀了。
太尉司马侍奉惠帝攻打张方，张方的兵远远地看到惠帝的御车，都败退而逃，张方于是惨败，死了五千多人。张方撤退到十三里桥驻扎，大家惶恐不安，想趁夜逃走，张方说：“胜负是兵家常事，善于用兵的人能够转败为胜，现在我反而再到前面修筑堡垒，出其不意，这是奇妙的计策。”于是趁夜色悄悄逼近距洛阳城七里处，修筑了几层堡垒，从外面运进仓库中的粮谷作为军粮。司马取胜后，认为张方不足以忧虑。听说张方建成了堡垒，十一月，率领军队去进攻，一无所获。朝廷讨论认为司马、司马颖是兄弟，可以用言辞来排解这一纠纷，于是派中书令王衍等人到司马颖那里劝说，让司马颖与司马平分秋色、共同辅助皇室。司马颖不答应。司马又给司马颖去信，为他陈说利害关系，想与司马颖和解。司马颖回信说：“请斩掉皇甫商等人的首级，那么我就率兵回归邺城。”司马不同意。
司马颖率兵进京城，张方把千里水坝中的水放掉，舂米的水碓全部无水可用。朝廷于是征发王、公大臣的奴婢用手舂米来供给军粮。一品以下不去应征的官员，家中十三岁以上的男子全部服劳役，又征发奴隶帮助军队。公室私家都穷困窘迫，一石米价值万钱。皇帝的诏书命令所能指挥的，仅仅是京都一城罢了。骠骑主簿范阳人祖逖，对司马说：“刘沈忠诚正义果断坚毅，雍州的兵力足以对付河间王司马，应当启奏皇上给刘沈下诏书，派他出兵袭击司马。司马一旦窘迫紧急，一定要召回张方去救援自己，这是很好的计策。”司马采纳了。刘沈接到诏书，用快马向辖境内各郡发布檄文，各郡大多起兵响应。刘沈组织七郡一共一万多人，进发长安。